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Basepair でのDNA-seq QC, Alignment (BWA) パイプライン
このパイプラインではDNA-seqのFASTQデータの前処理を行います。まず、品質評価と低品質データのトリミング、そしてアライメントを行います。次に重複リードを除去します。最後にゲノムカバレッジを計算します。 パイプライ […] -
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BasepairでのCuffdiffパイプライン
Cuffdiffパイプラインは、サンプルグループ間のアイソフォームレベルの発現変動解析を実行するために使用されます。Cuffdiff パイプラインが実行されると、最初に Expression coun […] -
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BasepairでのCufflinksパイプライン
Cufflinksパイプラインを実行すると、最初にExpression count (STAR)パイプラインが自動的に実行されます。このCufflinksパイプラインは、STARパイプラインでアラインメントされたリードを […] -
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BasepairでのATAC-seq Peaks, Motif (MACS2) パイプライン
このパイプラインを実行すると、最初に「ATAC-seq alignment (Bowtie2)」パイプラインが自動的に実行されます。その次に実行されるMACS2パイプラインでは、「ATAC-seq alignment ( […] -
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Apple Silicon vs クラウド：バイオインフォマティクスワークフローの最適化
バイオインフォマティクス研究において、Apple Siliconのようなローカルコンピューティングリソースとクラウドベースのソリューションのどちらを選択するかを決定することは、効率性、コスト、スケーラビリティを最適化する […] -
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Reactomeパスウェイエンリッチメント解析からアウトプットされたGSEAレポート
DESeq2パイプラインでパスウェイエンリッチメント解析を実行するとGSEAレポートが作成されます。このレポートはzipフォルダ（図1の青枠）にあります。このフォルダは「Input/output」タブ（図1の赤枠）からア […] -
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BasepairでのGEOデータのインポート
はじめに 多くの研究者がGEO（Gene Expression Omnibus）からインポートされたデータを用いて、様々な解析や検討を行っています。しかしながら、関連するメタデータなどを抽出し処理することは、手間のかかる […]
