RNA-Seq

BasepairのRNA-Seq

fastqがあれば、Basepairを使うことで、RNA-Seqの解析を迅速に行うことができます。一気にデータQCやアライメントからDEGや視覚化まで完了します。

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RNA-Seq（gifアニメーション）

fastqをアップロードするだけでDEGまで一気に完了

BasepairのシングルセルRNA-Seqでは、fastq（.gz）をアップロードするだけです。解析を開始すると、必要なワークフローを実行し、データQC、トリミングからDEG（遺伝子発現差解析）まで自動的に一気に完了します。

ファイルフォーマットを気にしたり、パイプライン同士を繋げたりする必要はありません。

発現量カウントにはSTARとTophatを用意しており、選ぶことができます。また、DEG（遺伝子発現差解析）には、DESeq2を使用しており、2グループ間、あるいは3グループ間以上の比較も可能です。DESeq2を起動した際に、発現カウントがない場合は、自動的に発現カウントパイプラインが実行されます。

GSEA（エンリッチメント解析）も含まれており、グラフが生成されます。

パイプライン

すべてのパイプラインは、引用度の高い、査読済みのツールで構築されています。

  • DESeq2：2グループ間、3グループ間以上での遺伝子発現量の比較
  • STAR：QC、アライメント、発現量カウント
  • Tophat：QC、アライメント、発現量カウント
  • deFuse：融合遺伝子イベント
  • Trinity：de novoアセンブリー
  • Cufflinks：アセンブルと遺伝子発現量の比較
  • Cuffdiff：アイソフォームレベルでの発現量解析

すべてのパイプラインは、プラットフォーム内で確認できます。（ログインが必要です）

<p>STAR</p>
<p>DESeq2</p>
<p>Tophat</p>

遺伝子発現量の定量化

RNA-Seqで得られた発現量カウントはグラフと表で表示されます。発現量は、rawカウント、FPMK、TPMで表示され、CSVでのダウンロードが可能です。

RNA-Seqで得られる発現量カウント

遺伝子発現量の比較

RNA-Seqで得られた発現量の比較をする場合はDESeq2を用いて、発現量のlog2とp値で表現されたボルケーノプロットを作成することができます。発現量とp値はそれぞれゲージを動かすことで、絞り込みを行うことができます。発現量の表とも連動しており、目的の遺伝子のみを表示したり、ラベルを付与することができます。

ヒートマップが練度しており、絞り込みを行うと自動的にヒートマップも更新されます。

発現変動遺伝子解析ボルケーノプロットRNASeq

GSEA（エンリッチメント解析）

RNA-Seqで得られたデータを解釈する際によく行われるGSEA（エンリッチメント解析）も用意しています。DESeq2は実行れるとあわせて自動的に実行されます。GO（Gene Ontology）とPathwayの遺伝子セットを用いたGSEA（Gene Set Enrichment Analysis）も実装されています。それぞれにエンリッチメントプロット（Enrichment plot）が生成されます※。

※ 多量のファイルが生成されるため、zipでのダウンロードになります。

エンリッチメント解析結果テーブル（GO）
GO
エンリッチメント解析結果テーブル（Pathway）
Pathway
エンリッチメントマトリックス表
エンリッチメントプロット

ガイド

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Basepairは、査読ジャーナルにも使われています。

“Fast, excellent and reasonably priced…you CAN get all three!! Thank you to the folks at Basepair for helping us deal with some difficult RNA Seq data.”

Sharen Mckay
Yale University
“I really like how easy the website is to use. And how quickly the results are generated, including figures. I would have never thought about doing a new analysis like I just did.”

Emilie Montenont
NYU Langone Health
“Support answers come fast and are always precise!”

Maria Hollnagel
Ulm University
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