elisa 監査がうまくいかないとき
あなたのゲノミクス・チームは、使用しているオープンソース・ツールを追跡していますか？ソフトウェアのバージョン番号や設定されているパラメータはどうなっていますか？ゲノム参照ファイル、使用ログ、バイオインフォマティシャンが展開しているカスタムスクリプトについてはどうでしょうか？
中規模から大規模のNGSデータ解析プロジェクトで細部まで追跡していなければ、監査は明白な悪夢となります。
Basepairは企業や製薬会社のクライアントがいらっしゃいますが、彼らの多くはBasepairプラットフォームへの最初の導入時にこの懸念を表明しました。私たち自身もバイオインフォマティシャンとして過去のプロジェクトで直面したことがあります。
複数のユーザー＋複数のツール＝監査と再現性の問題だらけ。
誰がそのサンプルを追加したのか？どんなプログラムを使ったのか？2年前のカスタムスクリプトの内容は？管理職や人事はこのようなデータを常に手元に置いておく必要があるが、うまく調整されたNGS解析プロジェクトであっても、情報は隙間からこぼれてしまいがちです。
データの証明は、最初から正しく行われないと、フラストレーションがたまります。だからこそ、BasepairのプラットフォームとAPIには監査証跡が組み込まれているのです。
NGSデータの監査証跡
手動のNGSデータ解析パイプラインでは、監査証跡の管理が困難です。可動部分が多ければ多いほど、結果を再現したりワークフローを記録したりする作業が増えます。では、なぜ可動部分を減らさないのでしょうか？
Basepairは、チームがバックグラウンドプロセスの追跡を気にすることなく、NGSデータ解析に集中できるように開発されました。このプラットフォームは、解析ごとにログエントリーを自動的に生成し、どのファイルやプログラムが結果の生成に使用されたかのトレースバックを提供します。
ディープ・ルック： 自動ワークフローがNGS解析をいかに簡素化するか
Basepairのログプロセス：
- Basepairにログインするチームは、DNA-Seq/WGS/WES、RNA-Seq、ChIP-Seq/CUT&RUN/CUT&TAG、シングルセルRNA-seq、ATAC-Seqデータなど、サポートされている複数のNGSデータタイプについて、一般的なワークフローまたはカスタムワークフローの中から選択します。
- いくつかの基本的なメタデータとオプションが入力されると、研究者やバイオインフォマティシャンはRun Analysisボタンを押します。
- 完全なレポートとともにログファイルが生成され、簡単にダウンロードできます。
- BasepairのAPIでスケーリングしますか？ログはPython、CLI、GUIのいずれを使用していても生成されます。
ディープ・ルック： Basepair API の機能
NGS解析の将来性
Basepairのシンプルな監査証跡により、臨床チームはFDAの監査に備えることができ、誰でも簡単に数ヶ月後、数年後のログを持ち出すことができます。また、論文発表前に結果を再現しようとする研究者は、Basepairプラットフォームを通じてすべての詳細を手にすることができます。
単一でシームレスなプラットフォーム上での自動ログの副産物として、新入社員が数分でBasepairを使い始めることができ、自動生成されたアクティビティログは数年後のチームメンバーにとっても有用であることがわかりました。
ディープ・ルック： 再現性と監査のためのNGSデータの準備
透明性の自動化
Basepairチームは自社のプラットフォームを頻繁に監査しています。ワークフローがACMGの臨床検査標準のような規制に沿ったものであり、ツールやパイプラインが最新のベストプラクティスであることを確認します。
この作業は、チームにとってより透明性の高い監査証跡につながります。
Basepairの自動ロギングは、数百から数千サンプルのNGSデータ解析プロジェクトにおいて、企業や製薬チームがシームレスなデータ実証を達成するのに役立っています。
Basepairのプラットフォームとデータ実証ツールが、あなたのチームのシームレスな監査証跡の生成にどのように役立つかをお知りになりたいですか？Basepairのチームにご連絡いただき、監査機能について話す時間をご予約ください。
この記事は「Achieving data provenance with Basepair’s automated audit trails」を翻訳、再構成したものです。