NGSプロジェクトの自動化

NGSプロジェクトの自動化

Basepair を使用すると、NGS プロジェクトを完全に自動化できます。 新しいプロジェクトを作成し、プロジェクト内に複数のサンプルを作成し、複数の分析を実行して、プロジェクト全体を別のユーザーと共有します。 手順は次のとおりです。

0. サインインしていない場合は、Basepairアカウントにサインインします。
1. https://astride.basepairtech.com/api/v2/users/api_keyから API キーをダウンロードし、ダウンロードしたファイルのパスを環境変数に保存します。（「Profile」を開くと画面右上にある「Download API config file」からでもアクセスできます。）

export BP_CONFIG_FILE=/path/to/basepair.config.json


2. basepairパッケージをインストールします

pip install basepair


3. このデータ用に新しいプロジェクトを作成します。 プロジェクト ID をメモしてください。

basepair create project --name desired_project_name


4. サンプルを追加し、サンプルIDをメモします。

basepair create sample --name Treat_1 --genome hg19 --datatype rna-seq --file1 /path/to/file1_R1.fq.gz --file2 /path/to/file1_R2.fq.gz

basepair create sample --name Control_1 --genome hg19 --datatype rna-seq --file1 /path/to/file2_R1.fq.gz --file2 /path/to/file2_R2.fq.gz


<他のすべてのサンプルを追加>


5. 発現差解析を実行します (ワークフロー #8)。 ステップ4のサンプルとコントロールID を使用してください。

basepair create analysis -w 8 --sample 30754 30755 30756 --control 30757 307587 30759

6. プロジェクトを別のユーザーと共有します。 この例では、他のユーザーが編集権限を取得します。 表示権限または管理権限を付与することもできます。

basepair updateProject -p 1926 --emails amit@basepairtech.com --perm edit