自動化された ChIP-Seq ピークコーリング、アライメント、およびパスウェイ分析
数日や数週間ではなく、数時間以内に出版可能な結果が得られます。 Basepair の自動 ChIP-Seq データ分析により、アライメント、リード数 (トリミングおよび重複排除数を含む)、ピーク コーリング、パスウェイ エンリッチメント分析、モチーフ分析、およびインタラクティブな図とプロットが可能になり、出版に近づくことができます。
ChIP-Seqとは？
ChIP-Seqは、クロマチン免疫沈降とそれに続く次世代シーケンシング (NGS) を指します。 この技術は、転写因子結合部位、ヒストン修飾、オープンクロマチン領域などのDNAとタンパク質の結合を見つけるために使用されます。 これらの各技術の背後にある中心的な考え方は、目的のエピトープを架橋および免疫沈降させてから、プルダウンDNAを配列決定することです 。 ChiP-Seqについてさらに詳しく知りたい場合は、分析チュートリアル をご覧ください。
BasepairでChIP-Seq データを管理
超高速
Basepair は、並列処理の助けを借りて、単一のサンプルから数千のサンプルまで拡張できます。 コーディングは必要ありません。
出版準備完了
すぐに使用できる ChIP-Seq 解析パイプラインから選択し、[実行] をクリックすると、数日や数週間ではなく、数時間で出版可能な結果が得られます。
信頼できる結果
Basepair はトップクラスの大学や査読者の出版物で使用されており、当社のソフトウェアを使用した多数の研究が発表されています。
ChIP-Seqのレポートに含まれるもの
ChIP-Seq パイプラインには、アライメント、QC、リード数、パスウェイおよびモチーフ分析、ピークのテーブルやヒートマップを含むピーク コールなどの一般的なオプションが含まれています。 以下に、ChIP-Seq 分析レポートですぐに利用できる図とインタラクティブなプロットの概要を示します 。
QCプロット
トリム前およびトリム後の QC チャートを使用して、生の ChIP-Seq データの品質をチェックします。 QC スコアは、入力データ内のシーケンスの問題や汚染を明らかにするのに役立ちます。
リードカウントフロー
読み取りカウントのフローは、トリミング、アラインメント、および重複排除プロセスの最後に使用可能な読み取りの全体像を提供するのに役立ちます。 この図をデータ分析の組み立てラインとして考えてください。生データを入力し、使用可能な読み取りの出力を取得します。
ゲノムブラウザ
Basepair に組み込まれたゲノム ブラウザを使用すると、生のゲノム データを鳥瞰図で見ることができます。 当社のプラットフォームはあらゆる変換を内部で処理し、追加のファイル変換やソフトウェアを必要とせずに ChIP-Seq データの視覚的な概要を表示します。
ピークコーリングとモチーフ分析
Basepair は、データ内の信号ピークを簡単に識別するのに役立ちます。 各ピークにはプロモーター、イントロン、または遺伝子間の注釈が付けられ、対応する遺伝子が表示されます。 見つかったピークについては、モチーフ分析を行って、過剰に存在する転写因子結合部位を見つけます。
遺伝子本体と転写開始部位のヒートマップとプロファイル
ヒートマップと複合プロファイルは、転写開始部位 (TSS) と注釈付き遺伝子の周囲のデータを要約します。 これにより、バックグラウンドを超えたターゲットの濃縮や、遺伝子と比較したその結合パターンなど、ChIP-Seq データの全体的な品質を視覚的に評価できます。
6サンプル フリートライアル 実施中
最大6つのサンプルを無料でアップロードして分析できます。アップロードされたサンプルに対する解析は無制限です。世界トップクラスの機関、研究室、製薬チームがBasepairを使用して、数千ドルを節約している理由をご覧ください。