再現性と監査のためのNGSデータの準備

監査はおそらくNGSデータ解析の最も恐ろしい側面であり、妖怪のようなものとも言えるかもしれません。それらは様々な形であなたを悩ませます。

数年前に取った結果を論文にする必要があるかもしれません。当時使用したオープンソースツールが劇的に変化していることに気づき、バージョンを確認し、古い機能は現在のベストプラクティスの更新に従っていない可能性があることに気づきます。これでは、再現性はもなくなってしまいます。

FDAの監査に備えなければならないかもしれません。あるいは、CDCのガイドラインに従うよう求められるかもしれません。これは、NGSデータ解析スタック全体のパンくずをたどり、すべてが準拠していることを確認することを意味します。

あるいは、研究室がバイオインフォマティシャンを臨時で雇い、1年後には彼らがどんなツールを使ったのか分からなくなってるなんていうこともあるかもしれません。

これらは、私たちが長年にわたって同業者から聞いてきた多くのシナリオのほんの一部です。創業者のAmit氏は、Basepairを立ち上げる前はハーバード大学医学部で講師をしていました。40以上の論文を発表している彼は、透明性、トレーサビリティ、QCは、単に便利なだけでなく、研究者、バイオインフォマティシャン、さらには研究室全体を将来の頭痛の種から救うものであることを理解しています。

この投稿では、私たちのチームがどのように自分自身を監査しているのか、そしてそれがどのように、より透明性が高く、監査に耐えうるプラットフォームと再現性のある結果に結びついているのかを概観します。 

Basepairのプラットフォームが監査に耐えうることを保証する方法

DNA-Seqデータに対するリードのアライメントから、RNA-Seq結果に対するDESeqの実行、ChIP-Seqデータセットに対するモチーフ解析の実行まで、Basepairのカスタムワークフローの各アルゴリズムは、公開データセットで厳密にテストされています。

私たちのツールがACMGの臨床検査標準のような規制に沿ったものであることを確認しながら、NGSデータ解析における新しい手法を比較する最新の研究報告を継続的にレビューしています。

(私たちのレビューから興味深い発見があれば、ブログで公表しています。非ヒト生物種でのパスウェイエンリッチメントの実行や、RNA-Seqデータのトリミングをチェックすることをお勧めします。)

バイオインフォマティシャンに最新のデータ解析ツールやテクニックを常にキャッチアップし続けることは困難な要求です。生物学者には、彼らの専門外のことです。バイオインフォマティクスのPhDと開発者のチームとして、これはBasepairのフルタイムの仕事です。

Basepairのパイプラインアーキテクチャは、すべてのソフトウェアのバージョン、参照ファイル、パラメータ値、その他の有用なメタデータを自動的に保存します。これらのデータはログファイルとして提供され、データの流れを完全に把握することができます。

ワークフローで使用されたすべてのツールとメソッドのログをダウンロードできる機能があります。次回の分析の時にお試しください！

では、これらがよりスムーズなQCや、より高い透明性や再現性をもたらすのか見てみましょう。

BasepairにおけるQCと透明性

最新のツールやテクニックの厳密な評価、最新のベストプラクティスやガイドラインの遵守に加え、Basepairでは、ユーザーの結果が出版やさらなるダウンストリーム解析に耐えうるものであることを確認するために役立つと思われるツールをいくつかご紹介しています。

QCスコアはほとんどのワークフローで利用可能で、それぞれに合わせて調整されています。例えば、こちらはRNA-SeqデータのSTARベースの発現カウントワークフローのbefore/after trim QC chartのスクリーンショットです：

これらのダウンロード可能で出版可能なグラフに加え、すべてのレポート、すべてのワークフローに対応したゲノムブラウザを組み込んでいます：

ゲノムブラウザは、生データセットの全遺伝子を包括的に視覚的にレビューすることができます。BasepairのQCチャート、ゲノムブラウザーや様々なレポートの機能をもっと知るためには、「BasepairでのNGSデータの視覚化」もご覧ください。

Basepairの無料トライアルでは、QCチャートやゲノムブラウザが利用できるサンプルレポートもご用意しております。また、ご自身のデータをアップロードして解析することも可能です！