自動化

自動化

Basepair のGUIは、ワンクリックで迅速に分析できるようにすでに合理化されていますが、数十、数百、さらには数千のサンプルとなると、かえって煩雑になってしまいます。そこで、Basepairでは、APIを用意し、大量サンプルの処理が可能になっています。

API

APIを使って、以下の操作が可能です。

利用可能なデータのリスト取得
- ゲノム：hg19、mm10などすでにBasepairに格納されているレファレンスゲノムをリスト表示させることができます。
- ワークフロー：利用できるワークフローをリスト表示させることができます。
- サンプル：Basepair アカウントにすでにアップロードされているサンプルをリストすることができます。
- 解析すでに完了した解析のリストをリストすることができます。
サンプルの作成または削除
- Basepair サンプルは、「BpSample」クラスを通じて処理されます。これを使用して、新しいサンプルを作成したり、既存のサンプルに関連付けられた情報を取得するという2つの主な操作を行うことができます。
新しい解析を作成
結果のダウンロード

カスタムワークフロー

Basepair を使用すると、いくつかの簡単な手順でカスタムバイオインフォマティクスワークフローをインポートして実行できます。パイプラインの各主要なステップを独自のDockerコンテナーに配置し、段階的に実行することをお勧めします。