Basepair with AWS HealthOmics
Basepairの使いやすさはそのままに、AWS HealthOmics（ヘルソミクス）が利用できます。
AWS HealthOmicsとは
AWS HealthOmics （ヘルソミクス） は、AWSのオミクスソリューションです。ゲノム、トランスクリプトーム、およびその他のオミクスデータにおける保存、クエリ、分析を簡略化することができます。また、マルチオミクス情報の保存および解析プロセスの簡略化、高速化も実現しています。
Basepairを用いたAWS HealthOmicsオーケストレーション
Basepairは、AWS上でのバイオインフォマティクスプラットフォームの、マイグレーション、オケストレーション、スケーリングを加速します。
また、Basepairの直感的なポイント アンド クリック インターフェイスにより、計算経験がほとんどない科学者でも、データに接続して処理し、データ タイプごとにカスタマイズされた対話型レポートを通じてデータを探索できます。
インテグレーションによってサポートされる機能
- BasepairGUI/CLI で、サンプルのアップロードが効率化
- HealthOmicsリードセットの直接的でインタラクティブな視覚化
- アーカイブリードセットはワークフローで使用されると自動的にアクティブ化
- GUIによってカスタムワークフローを作成可能
- ワークフローの実行中にインタラクティブなタイムライングラフを利用可能
- 複数のユーザー間でのサンプル、ワークフロー、分析の管理および共有機能。
- Connected Cloudにより、独自のクラウドインフラストラクチャを統合できます。
AWS Ready To Run Workflows
Basepairでは随時Ready to Runワークフローの実装を進めています。リクエストも随時お受けしています。
実装済みのReady to Runワークフロー
- GATK-BP Germline fq2vcf for 30x genome
- GATK-BP fa2bam
- NVIDIA Parabricks Germline HaplotypeCaller WGS for up to 5X
- NVIDIA Parabricks FQ2BAM WGS for up to 30X
- NVIDIA Parabricks Germline HaplotypeCaller WGS for up to 30X
- NVIDIA Parabricks FQ2BAM WGS for up to 5X
- NVIDIA Parabricks Germline DeepVariant WGS for up to 5X
- ScRNAseq with KallistoBUStools
- Ultima Genomics DeepVariant for up to 40
- Bases2Fasta for 2×75
- Bases2Fasta for 2×150
- AlphaFold for up to 600 residues
- AlphaFold for 601-1200 residues
- ESMFold for up to 800 residues
「オミクスデータ解析を民主化する」
AWSのポスト”Democratize Omics Data Analysis with Basepair on AWS HealthOmics”では、AWS HealthOmics・Basepair バイオインフォマティクスプラットフォームを活用して、予測可能なコストでユーザーフレンドリーでスケーラブルで柔軟なオミクスデータ分析インフラストラクチャにアクセスする方法を解説しています（英文）。ぜひご覧ください。
- プラットフォームの概要
- BasepairでAWS HealthOmicsを使用する主な利点
- 自社のAWSアカウントリソースをどのように使用できるのか
- インサイトを得るまでの時間の短縮