カスタマイズ
Basepairはベンチサイエンティスト（WET研究者）が使いやすいインターフェースを実装していますが、様々なカスタマイズも提供しています。
パイプライン
BasepairではすでにGATKやBowtie、MACS2、seuratなど主要なパイプラインは実装済みですが、パイプラインやワークフローを追加できます。ご要望があれば、是非お知らせください。これまでもご要望の多かったものから順次追加しています※。実際、現在ラインナップされているパイプラインの多くもご要望に応じて実装されたものです。現在使っているツールがGithubなどに公開されていれば、組み込みの期間が大きく短縮できます。
年間ライセンスでは、自社の規定のパイプライン・ワークフローを使用する必要があるという場合にも対応しております。nf-coreやWDLにも対応しており、プラットフォームに依存しない設計も可能です。
自動化
GUIはわかりやすく視認性が高いのがメリットですが、大量のサンプルを処理するとなるとかえって煩雑になってしまいます。そこでBasepairは、APIを実装しています。Terminal（Mac）などからCLIを用いて、Basepairをコントロールすることができます。
[自動化について]
自社クラウドとの接続
すでにAWSなどクラウドを利用している、あるいは今後クラウドの利用を検討されている場合は、Basepairを連携することができます（Professional/Enterpriseライセンス）。これを”Connected Cloud”と読んでいますが、これにより、ユーザー認証やインターフェースなど構築が煩雑な部分でBasepairを使うことで迅速なサービスインが可能になります。また、ストレージ（S3）やコンピューティング（EC2）は自社のクラウドを活用することができるため、コスト効率を向上させることができます。
ホワイトラベル
Professional/Enterpriseライセンスでは、ホワイトラベルのオプションがあります。ホワイトラベルとは、Basepairのブランド（ロゴなど）を消して、自社ブランドとしてBasepairを利用することができる機能で、自社のユーザーに対して自社ブランドとしてBasepairを提供することができます。
※ 別途、カスタム対応として別料金が発生することがあります。