カスタムゲノムのアップロード
対象のゲノムが現在BasePairプラットフォームで利用できない場合は、FASTA および GTF/ref flat ファイルを Basepair両方をアップロードして作成できます。その後、下流の分析への組み込みを処理します。
ステップ 1: [SAMPLES] タブで [Add genome] をクリックします。
ステップ 2: ゲノム名と必要なファイルを追加する
できればアセンブリと種の両方からの情報を使用して、ゲノムに一意の名前を付けます。
追加ファイル：
- ゲノム配列 FASTA ファイル
- (通常は「.fna」、「.fa」、または「.fasta」で終わり、「.gz」で gzip 圧縮する必要があります)
- 遺伝子アノテーション GTF または ref flat ファイル
- (通常は「.gtf」で終わるか、「ref flat」を含むため、解凍する必要があります)
- 遺伝子アノテーション ファイルが、アップロードするゲノム アセンブリ用に構築されていることを確認してください。
オプションの情報は、「ゲノムパラメータ」の下にさらに追加できます。
最後に、下部にある「ゲノムの追加」ボタンをクリックして、ファイルのアップロードを開始します (通常は 10 分未満)。
アップロードが完了すると、現在のプロジェクトで分析が自動的に開始されます。
この分析では、Basepair によって使用される各アライナーの新しいゲノムにインデックスが付けられます (通常は約 1 時間)。
これがすべて完了すると、サンプル作成中にカスタム ゲノムがデータ分析で使用するために「カスタム」ゲノムで使用できるようになります。
