Basepairの基本操作
RNA-Seq
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Differential Expression（DE-Seq）インタラクティブプロットの作成
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データの分析はすでに完了しており、リードカウントの発現マトリックスが得られています。さらに分析するためにそのデータを Basepair にアップロードできますか?
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RNA-Seqの結果
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GSEA 分析で一連の遺伝子が正の相関関係にある場合と負の相関関係にある場合、それは何を意味しますか?正の相関があるということは、それらの遺伝子がサンプル中で上方制御されていることを意味しますか?
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RNA-seq 解析のデフォルトのトリミング設定はどこで変更できますか?
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Wald検定と尤度比検定(LRT)の違いは何ですか? どちらが好ましいですか?
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PCAプロットに外れ値サンプルのように見えるものが表示されます。どうすればいいですか？サンプルを分析から除外する必要がありますか?
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差次的発現（differential expression）レポートでは、P-value（P値）と P-adjusted value（P調整値）のどちらの指標がより重要ですか?
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エンリッチされたGSEAプロットとエンリッチされていないGSEAプロットの違いはどのようにして見分けることができますか?
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Expression Count レポートにおける適切な一致率はどれくらいですか?
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良い品質スコアとは何ですか?
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トリミング、アライメント、発現定量と差次発現分析
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RNA-Seqのノーマライゼーションとヒートマップの作成
DNA-Seq
ATAC-Seq
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ATAC-seq 解析ではシングルエンドリードのみを使用していますが、データをレスキューできますか?
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さらに分析するには、特定のインサートサイズのリードをフィルタリングする必要がありますか?
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ATAC-seqデータではどのような品質管理指標が重要ですか?
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カバレッジと読み取り深度の違いは何ですか?？ATAC-seq データには何回の読み取りが必要ですか？
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ATAC-seq データの期待される重複率はどれくらいですか?
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ATAC-seqのペアエンドデータは必要ですか？
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ミトコンドリア DNA は ATAC-seq データのノイズの原因になりますか? どのように対処すればよいでしょうか?
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ATAC-seq アライメントインサートのサイズに傾向が見られますか?
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FRIP スコアはどの程度が良いと考えられますか?
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サンプルのリード数が異なる場合、それらのピークをまとめて呼び出すことができますか?
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ATAC-seq データの推奨ピーク設定 (広いか狭いか) は何ですか?
ChIP-Seq
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モチーフ分析の目的は何ですか?
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サンプルにスパイクインがない場合でも、ChIP-seq データは信頼できるのでしょうか?
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スパイクインコントロールクロマチンを含めることができない場合、濃縮度やリード数が異なる 2 つ以上のサンプルを正規化する最良の方法は何ですか?
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Macs2 ピーク解析の結果表
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狭いピークと広いピークの両方を調べて、それらを結合する方法はありますか?
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コントロールサンプルと処理サンプルを同じヒートマップ内に描画したいのですが、どうすれば良いですか？
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ChIP-Seqの結果
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ヒストン修飾と転写因子の分析を行う際に、デフォルト設定の変更を推奨しますか?
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ユニークなアライメント率が 20% である場合、サンプルが汚染されていることを意味しますか?
自動化・API