パスウェイ解析のアウトプットファイル

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  • 著者 iwai-chem
  • カテゴリー Announcements

パスウェイエンリッチメント解析中に生成されたアウトプットファイルは、「Input/output」タブの下にある「gsea_go/<SAMPLE_NAME>.pathway.gsea.zip」フォルダにあります。これらのファイルは、論文発表や下流の解析に役立ちます。

basepairは「Report」タブで、プロットやテーブルの表示がありますが、それ以外の中間ファイルを含むアウトプットファイルは「Input/Output」タブで確認できます。

Basepairは「eport」タブで、プロットやテーブルの表示がありますが、それ以外の中間ファイルを含むアウトプットファイルは「Input/Output」タブで確認できます。

アウトプットファイル「gsea_go/.pathway.gsea.zip」の一覧

「gsea_go/<SAMPLE_NAME>.pathway.gsea.zip」フォルダには以下のファイルが含まれています：

  • フィルタリングされたデータセットの遺伝子セットエンリッチメント解析 (GSEA)レポート(index.html)
  • 解析されたすべてのパスウェイ遺伝子セットの詳細なエンリッチメント結果 (html形式)
  • 詳細なエンリッチメント結果表 (Excel形式またはタブ区切りテキスト形式)
  • 各パスウェイ遺伝子セットのヒートマップ (png形式)
  • 各Reactomeパスウェイ遺伝子セットのエンリッチメントプロット (png形式)
  • 陽性エンリッチメント結果のスナップショット (pos_snapshot.html)
  • 陰性エンリッチメント結果のスナップショット (neg_snapshot.html)
  • FDR q-valueまたはノミナルp-valueに対するNESのプロット (png形式) 
  • ランク付けされた遺伝子リストの詳細とメトリックスコア (Excel形式またはタブ区切りテキスト形式)
  • ランク付けされた遺伝子リストの相関プロファイルプロット (png形式)
  • 遺伝子ランクとランキングメトリックスコアの正負の相関を示す有意遺伝子のバタフライプロット (png形式)
  • 「edb」という名前のサブフォルダーには以下のファイルが入っています：
    • <analysis name>.cls
    • filtered.rnk
    • gene_sets.gmt
    • results.edb
  • 全パスウェイ遺伝子セットの遺伝子数 (タブ区切りテキスト形式)
  • パスウェイ遺伝子セット全体のエンリッチメントスコアのグローバルESヒストグラム (png形式)
  • 各エンリッチメントパスウェイのランダムES分布プロット (png形式)
  • タブ区切りのテキスト形式 (htmlおよびtsv形式) による、アップレギュレートおよびダウンレギュレートされた遺伝子のGSEAレポート
  • 各表現型の上位50フィーチャーのヒートマップ (png形式)
  • 各表現型の上位50フィーチャーのヒートマップ (png形式)とランク付けされた遺伝子リストの相関プロファイル (html形式)
  • パスウェイエンリッチメント解析で使用した全てのパラメータ設定を含むファイル (rpt形式)

アウトプットファイル「gsea_go/<SAMPLE_NAME>.GO.Gsea.zip」

「gsea_go/<SAMPLE_NAME>.GO.Gsea.zip」フォルダにもpathway.gsea.zipと同様の構成で解析結果ファイルが含まれます。

pathway.gsea.zipはReactomeパスウェイ遺伝子セットを対象とした解析の結果をまとめているのに対し、GO.Gsea.zipではGene Ontology (GO) の遺伝子セットを対象として解析した結果が格納されています。

GSEAレポート (index.html)

pathway.gsea.zipを解凍してできたフォルダにindex.htmlがあるので、それを開きます。ブラウザが立ち上がり、図1aのようにGSEAレポートが開きます。「Enrichment results in html」 (上の赤枠) をクリックすると、図1bのようにエンリッチメントされたパスウェイのリストがブラウザに表示されます。

図1. a) GSEAレポートの画面、b) パスウェイ遺伝子セットのエンリッチメント解析結果一覧

詳細データの見方

エンリッチメントされた各パスウェイについて、MSigDBおよびReactomeのウェブページから詳細を確認することができます：

  1. 上記 図1bの表で示されている、エンリッチメントされたパスウェイのいずれか (例：REACTOME_POST_CHAPERONIN_TUBULIN_FOLDING_PATHWAY) をクリックします。
  2. 下記 図2aのように、ブラウザがMSigDB上の該当のパスウェイの画面 (例：https://www.gsea-msigdb.org/gsea/msigdb/cards/REACTOME_POST_CHAPERONIN_TUBULIN_FOLDING_PATHWAY) に移動します。
  1. 「External link」 (図2aの赤枠) をクリックすると、図2bのようにReactomeのウェブサイト (例：https://reactome.org/PathwayBrowser/#/R-HSA-389977) に遷移するので、該当するReactomeパスウェイの経路図や詳細情報を確認することができます。
  2. ステップ1～3を繰り返すことで、興味のあるパスウェイを調べることができます。
図2. a) MSigDBにおけるパスウェイの詳細画面、b) Reactomeのウェブサイトにおけるパスウェイの表示例