RNA-Seqのデータ解析をコーディングなしで
Basepairは、わずか数回のクリックで、データのアップロードからインタラクティブな視覚化によるデータ探索までを行うことができます。バイオインフォマティクスやコーディングの経験は必要ありません。 データはブラウザ上に表示され、インタラクティブにデータ解析が可能です。
Basepairではじめよう
専用マシンもインストール不要のNGSデータ解析クラウドサービス
BasepairはSaaSです。専用マシンやソフトウェアのインストールは不要です。マシンやPCのスペックを検討したり、たくさんのソフトウェア、プログラムをインストールする際に、バージョンや依存関係の確認なども必要ありません。内部プログラムは実績のあるパブリックなもので構成。論文も多数出版されています。
生データをアップロードしてパイプラインを選ぶだけ
サンプルデータは、FASTQなど生データをアップロードできるほか、Basespaceからの転送、GEO/NCBIからの転送、FTPへの接続にも対応しています。複数のサンプルをアップロードする場合は、APIを使ったコマンドラインでの操作（CLI）にも対応しています。多くのパイプラインはシーケンサーに関係なく解析可能です。
サンプルあたりの従量課金ー初期費用・解析追加料金なし
課金はサンプル数のみに依存する従量制です。アップロードされたサンプルに対する解析は無制限・追加課金ありません。また、初期費用も不要です。
※ 多量のサンプルを取り扱う場合は、年間ライセンスもご用意しています。
多様なRNA-Seq視覚化ツール
Basepairで使用されているSTAR、DESeq2、Tophat、Cufflinks などのRNA-seqツールは、業界標準のパブリックドメインのアルゴリズムであり、多くの引用と査読が行われています。各種プロットは、PNG、SVGで、各種テーブルはCSVでのダウンロードが可能です。その他の中間ファイルなどもダウンロード可能です。
また、すべてのRNA-Seqレポートには、データの品質の概要を示すQC チャートが含まれています。 最高品質の出力を保証するために、Basepair は生データをチェックし、品質評価を割り当てます。
BasepairのRNA-Seqパイプラインでできること
- 2グループ以上のグループ間の比較
- ボルケーノプロット、PCA、GESA（エンリッチメント解析、GO/Pathway）
- 遺伝子の絞り込み（プロット上、テーブル上）
- 絞り込みデータのダウンロード
使いたい機能がない場合は、随時追加しておりますので、ご要望をお知らせください。
RNA-Seq関連の記事
-
BasepairでのSingle cell RNA-seq integrateパイプラインのアウトプットファイル
IntegrateパイプラインでSeuratが生成するアウトプットファイルについて説明します。アウトプットファイルは、「Input/output」タブ（下図の赤枠）にあります。 Seurat ファイル… 続きを読む
-
BasepairでのSingle cell RNA-seq integrateパイプライン
Integrateパイプラインは、異なるシングルセルRNA-seqサンプルを比較するために使用します。ここでは、シングルセルRNA-seqパイプラインで生成された各サンプルのSeurat Object… 続きを読む
-
BasepairでのシングルセルRNA-seqパイプラインのアウトプットファイル
パイプラインのアウトプットファイルは、「Input/output」タブにあります。 Alevin ファイル名ファイルの説明extract/out1/alevin/whitelist.txtデータから特… 続きを読む
Basepairは、査読ジャーナルにも使われています。
6サンプル フリートライアル 実施中
最大6つのサンプルを無料でアップロードして分析できます。アップロードされたサンプルに対する解析は無制限です。世界トップクラスの機関、研究室、製薬チームがBasepairを使用して、数千ドルを節約している理由をご覧ください。